Pada awal pembentukan Asosiasi Klinik Indonesia, dimulai dari inisiasi oleh dr. Eddi Junaidi, SpOG.,SH.,Mkes. saat itu masih menjabat sebagai ketua Ikatan Dokter Indonesia Cabang Jakarta Timur periode 2009-2012 dan juga sebagai Koordinator program Pengurus Besar Ikatan Dokter Indonesia (PB IDI) periode 2009 -2012. Pemikiran itu muncul sejak bulan Maret 2011, dengan adanya peraturan pemerintah yaitu peraturan menteri kesehatan tentang Klinik yang terbit pada tanggal 4 Januari 2011, (NOMOR 028/MENKES/PER/I/2011), disamping peraturan tersebut, adanya Undang-Undang Sistim Jaminan Sosial Nasional (SJSN) no 40 tahun 2004.
Bulan Agustus (01 Agustus 2011), merupakan momentum penting lahirnya Asosiasi Klinik Indonesia, dengan beberapa orang pendirinya. Pada saat berdirinya Asosiasi Klinik Indonesia (ASKLIN), Undang-undang Badan Penyelenggara Jaminan Sosial (BPJS) masih dalam pembahasan di DPR RI ditambah lagi didalam pembahasan UU BPJS tercantum dalam satu pasal bahwa mengisyaratkan peran dari asosiasi fasilitas kesehatan. Yang memang pada akhirnya terealisasi dalam penjelasan pasal 11 huruf d UU tersebut.
Embrio kelahiran ASKLIN sebagai sebuah organisasi fasilitas kesehatan klinik untuk mengaktualisasikan dari peraturan menteri kesehatan tentang klinik dan Undang-undang BPJS, serta keinginan dari pemilik dan penanggung jawab klinik untuk membantu bersama dalam rangka peningkatan pelayanan kesehatan.
Dengan demikian perjalanan untuk membantu peran pemerintah dalam membina dan mengawasi fasilitas kesehatan Klinik dapat berjalan serta memenuhi standard pelayanan yang diharapkan oleh pemerintah dan masyarakat.
Sejak didirikan, para pendiri mengajak beberapa orang yang peduli terhadap perkembangan kesehatan di Indonesia, untuk menggagas aturan-aturan dalam organisasi seperti Anggaran Dasar (AD) dan Anggaran Rumah Tangga (ART), serta proses-proses untuk menjadi sebuah organisasi dalam bidang kesehatan yang kedudukannya di Negara RI ini dapat pengakuan secara Hukum, sampai akhirnya mendapatkan pengesahan dari Kemenkumham pada tanggal 04 Mei 2012.